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Laboratoire

Depuis juin 2007, un nouveau laboratoire est installé dans le bâtiment Combe Berthaux (21 rue Fernand Holweck 21000 Dijon) d’Agrosup Dijon.

Ce bâtiment qui accueille plusieurs équipes de recherche a reçu un soutien financier de la part du Conseil Régional. La partie laboratoire consacrée à notre unité représente 311m² répartis sur 18 pièces.

Chaque pièce est dédiée à une application particulière, regroupant les thèmes suivants : microbiologie, biologie moléculaire et analyses biochimiques.

Le laboratoire est spécialisé dans plusieurs domaines :

L’étude du microbiote gastro-intestinal repose sur des méthodes conventionnelles de culture et des techniques de biologie moléculaire (analyses par PCR Quantitative, Automated Ribosomal Intergenic Spacer Analysis - ARISA).

  • Le laboratoire est équipé de postes d’ensemencement spécialisés dans la mise en culture de bactéries et champignons anaérobies strictes, avec l’utilisation de la technique des "Roll-tube de Hungate". (ensemencement sous CO2 ou en chambre anaérobie sous atmosphère contrôlée).

  • Certaines souches bactériennes sont quantifiées à l’aide de sondes nucléotidiques spécifiques. Des mises au point sont actuellement en cours pour élargir le spectre d’étude aux champignons, protozoaires et à d’autres bactéries.
  • En partenariat avec la plate-forme SERCOBIO située à l’INRA de Dijon, des analyses de profils bactériens sont réalisées en ARISA.

Etude de l’activité microbienne

L’activité du microbiote gastro-intestinal est évaluée par l’analyse des produits terminaux de la fermentation et/ou par la production de gaz fermentaires.

 

Concernant les produits terminaux de la fermentation, le laboratoire peut déterminer

  • Les acides gras volatils par Chromatographie Phase Gazeuse (CPG) sur clarus 500 (perkinelmer)
  • La concentration en NH3 par ionnomètrie
  • La concentration en acide lactique par méthode enzymatique sur lecteur de microplaque MRX.


Acides gras volatils par Chromatographie Phase Gazeuse (CPG)
Concentration en NH3 par ionnomètrie

 

Concernant la production de gaz fermentaires, le laboratoire utilise une méthode « In vitro » : les contenus digestifs récoltés à la plate-forme zootechnique sont inoculés dans des mini-fermenteurs contenants un substrat (foin, granulés…) et sont suivis (cinétique de production de gaz durant 24 à 72 heures)

Mesures associées aux aliments et aux produits terminaux de fermentation (contenus digestifs et fécès)

 

Le laboratoire peut quantifier :

  • Matières sèches et cendres (Norme AFNOR NF V 18-109)
  • Parois végétales selon les méthodes de VAN SOEST et WENDE
  • Protéines par la méthode de Kjeldahl
  • Amidon par la méthode d’Edwards

Matières sèches et cendres (Norme AFNOR NF V 18-109)
Parois végétales selon les méthodes de VAN SOEST et WENDE
Parois végétales selon les méthodes de VAN SOEST et WENDE